Действие развивается в параллельном мире, где наука сплавлена с магией, и сверхъестественные способности давно никого не удивляют. Их носители делятся на две категории: эсперов, которые в результате направленной мутации получили один, пусть и мощный дар, и магов, которые могут быть слабее, но диапазон возможностей у них куда шире. Юных эсперов со всей Японии собирают в единый образовательный центр – город под названием Академия. Там и учится главный герой сериала Тома Камидзё. Дар у парня весьма странный: его правая рука – универсальный негатор, то есть, обнуляет любое парафизическое, магическое или божественное воздействие. А раз так, считает Тома, то и немногие крупицы счастья, посылаемые судьбой, до него просто не доходят, и вся его жизнь – полная невезуха (его любимая фраза). То на телефон наступит, то не с теми парнями свяжется, то обнаружит на перилах собственного балкона на редкость милое и голодное юное создание в костюме монашки… Юное создание, отъевшись и придя в себя, радостно сообщило, что звать ее Индекс, а родом она из Англии, где бежала из тайного церковного ордена. Братья-монахи заложили в память девушки-волшебницы содержание более 100000 запрещенных магических книг, превратив носителя в живую библиотеку с указателем, то есть, «индексом». Естественно, подобную ценность держали под строгим надзором, а ей не понравилось, свободы захотелось, понимаешь… В итоге вместе с нежданной гостьей у Томы прибавились сразу две проблемы. Первая – по следу беглянки идут могущественные маги-охотники, да и местные авторитеты уже заинтересовались. Вторая – такой массив информации без регулярной «техподдержки» вскоре просто убьет носителя. И разбирайся, Камидзё-сан, как хочешь. Вот такое невезение. TV-2: В альтернативном мире науки и магии где-то в Южной Японии все так же стоит чудесный город, где живет Тома Камидзё, который спас мир, но потерял память. Впрочем, парень мог забыть о своих подвигах или о школьном задании на лето, но никак не о шумном создании в белом, которое поселилось в его скромной квартирке. Разумеется, Индекс снова втягивает Тому в историю, где фигурируют запретные книги, английские рыцари, римские католики и японские заговорщики, а мы встречаемся со старыми знакомыми из предыдущих сезонов. А пока Тома проклинает свое вечное невезение, в предместьях Академгорода христианские маги схватываются с местными экуменистами, Мисаки и Акселератор не могут разобраться в собственных чувствах, а тайно прибывшая из Англии архиепископ Лаура мечтает сходить в японскую баню. Грядут новые битвы, зашевелились местные тайные союзы эсперов, да и ученые Академии, явно не отягощенные моралью, предвкушают новые эксперименты. И только свежий взгляд на мир сериала помогает понять, что приключения героев – лишь часть большой картины «нового творения», в которой кое-кто из создателей Академии решил поколебать сами основы мироздания!